Giocare con PuzzleWizard è semplice e divertente: avviato il file eseguibile creato, tre pulsanti servono per impostare il grado di difficoltà nella risoluzione del puzzle (semplice, medio, difficile); un pulsante consente di selezionare la versione del puzzle a 36 o 16 tessere (adatta ai bambini più piccoli).
E' possibile utilizzare un timer per definire il tempo massimo di risoluzione: in questo caso una barra visualizzerà graficamente e numericamente sia il tempo trascorso, sia il tempo residuo; con timer disabilitato viene visualizzato solo il tempo trascorso.
Si possono abilitare o disabilitare gli effetti sonori ed un pulsante permette di avviare il gioco o metterlo in pausa, oppure cambiare il colore dello sfondo.
Il pulsante con la macchina fotografica (disponibile all' interno della finestra visualizzata alla fine di ogni gioco) consente di salvare nel driver prescelto (disco, floppy, ecc.) una copia dell' immagine del puzzle. In questo modo si può stampare il puzzle su cartoncino, ritagliare le tessere e giocare in modo ‘reale’.